Siguiendo una práctica universal, el animal recién llegado no ingresa directamente a los ambientes de exhibición. En el Área de Cuarentena se examina su condición física, se diagnostica y trata cualquier alteración patológica, se combate los parásitos internos y externos y se vigila atentamente el comportamiento del animal para descartar anormalidades de todo tipo.
En especial es de gran importancia descartar la posibilidad de que el animal sea portador de enfermedades contagiosas que podrían amenazar la seguridad del resto de los animales susceptibles del zoológico.
Algunos especimenes que han sufrido condiciones adversas durante la captura o el cautiverio pueden permanecer largo tiempo de cuarentena mientras recuperan el aspecto normal del pelaje o de las plumas pues, por convención internacional, no se debe exhibir animales enflaquecidos, mutilados, heridos o de mal aspecto, para no herir los sentimientos del publico.
Consultorio Veterinario
En esta área se atiende a los animales enfermos por cualquier causa, con el propósito de devolverles la salud. Aquí se hace la exploración clínica y la medicación interna y externa de los pacientes y la necropsia o examen de los cadáveres para determinar la causa de su muerte con el fin de evitar la repetición de los casos en otros ejemplares.
Cuando es necesario se realizan operaciones quirúrgicas y otras manipulaciones que requieren anestesia o tranquilización.
Los animales que mueren por cualquier causa son aprovechados de la mejor manera. Parte de esta estrategia es un convenio con la Universidad Autónoma para utiliza los cadáveres en la docencia o en diferentes prácticas durante la formación de médicos veterinarios. Muchos de los especimenes del Museo de Anatomía de la Facultad de Ciencias Veterinarias han sido proporcionados por el Zoológico.

Almacén de Alimentos y Cocina

La alimentación de los animales tiene un carácter prioritario, cosa que se puede apreciar en el buen aspecto de los ejemplares de la colección y en la limpieza de la cocina donde se prepara las raciones que diariamente son proporcionadas a las diferentes especies según dietas cuidadosamente calculadas para los requerimientos nutricionales de cada una de ellas.
Las frutas y hortalizas que se utiliza son totalmente frescas y de buena calidad. Las carnes y otros ingredientes perecederos son mantenidos en congeladores y refrigeradores que no tienen nada que envidiar a los que usa la gente en su hogar. Todo esto tiene por objeto descartar cualquier enfermedad o trastorno producido por alimentos mal conservados o mal manipulados. Todos los días, antes de que el Zoológico se abra a las 8:30 ya las raciones han sido repartidas a las jaulas y encierros. Por esta razón, una buena hora para visitar el Zoo Fauna Sudamericana es precisamente la primera hora de la mañana, cuando casi todas las especies están en actividad alimentandose.